Đạo Công giáo được du nhập vào vùng đất mà ngày nay là nước Phần Lan vào thế kỷ 12.[4] Đến thế kỷ 16, đạo Công giáo mất hầu hết chỗ đứng tại vùng đất này vì khi đó Phần Lan chịu ảnh hưởng của cuộc cải cách Tin Lành diễn ra tại Thụy Điển.

Thánh lễ Công giáo đầu tiên tại Phần Lan kể từ khi vua Johan III của Thụy Điển mất vào năm 1592 được cử hành tại Turku vào năm 1796, do Đại diện Tông tòa Thụy Điển là linh mục Paolo Moretti (it) làm chủ tế.[5]

Năm 1799, một giáo xứ Công giáo mới được thành lập tại Vyborg khi ấy nằm trong vùng đất Cựu Phần Lan thuộc Đế quốc Nga. Đến năm 1812, sau khi toàn bộ lãnh thổ Phần Lan được sáp nhập vào Nga và trở thành Đại công quốc Phần Lan, địa giới của của giáo xứ này được mở rộng và bao trùm khắp nước Phần Lan. Có khoảng 3.000 người Công giáo sinh sống tại Phần Lan vào năm 1830. Trước thập niên 1860, hầu hết các thừa tác viên linh mục phục vụ tại Phần Lan là các linh mục dòng Anh Em Giảng Thuyết người Litva. Năm 1856, giáo xứ Helsinki được thành lập, có thể là nhờ sức ảnh hưởng của phu nhân Toàn quyền Phần Lan Friedrich Wilhelm von Berg – bà Leopoldina Cicogna Mozzoni (1786–1874). Nhà thờ chính tòa Thánh Henricô ở Helsinki được khánh thành vào năm 1860.

Vào năm 1882, tất cả các linh mục và nữ tu người Đức bị trục xuất, và đến năm 1912 thì mọi linh mục người nước ngoài đều bị trục xuất một lần nữa. Sau khi Pehr Evind Svinhufvud công bố bản tuyên ngôn độc lập và thành lập nước Phần Lan, lực lượng chiếm đóng của Nga bị buộc phải triệt thoái, mà trong số đó có nhiều binh sĩ là tín hữu Công giáo người Ba Lan và Litva, khiến cho số lượng thành viên của Giáo hội Công giáo tại Phần Lan bị suy giảm nghiêm trọng.

Năm 1920, Tòa Thánh thiết lập Hạt Đại diện Tông tòa Phần Lan, và lần lượt thành lập các giáo xứ tại Turku (1926) và tại Terijoki (1927). Chính phủ Phần Lan công nhận tư cách "cộng đồng tôn giáo" cho Giáo hội Công giáo tại Phần Lan vào năm 1929. Nước Phần Lan chính thức thiết lập quan hệ ngoại giao với Tòa Thánh vào năm 1942 và Giáo hoàng Piô XII đã trao tặng một khoản tiền lớn cho các thiếu nhi bị mồ côi bởi chiến tranh tại Phần Lan. Sau khi chiến tranh kết thúc, hai giáo xứ tại Vyborg và Terijoki vốn nằm trong vùng đất mà Liên Xô giành được đã phải di dời về Lahti, và đến năm 1949 thì thành lập một giáo xứ mới tại Jyväskylä.

Nhà thờ Thánh Maria ở Helsinki được khánh thành vào năm 1954. Vào năm tiếp theo, Hạt Đại diện Tông tòa Phần Lan được nâng lên thành Giáo phận Helsinki. Các giáo xứ tại Tampere, Kouvola và Oulu lần lượt được thành lập vào năm 1957, 1985 và 1992.

Tại Phần Lan cũng có sự hiện diện của một số phong trào và hội nhóm thuộc Giáo hội Công giáo. Trong số đó, cộng đoàn "Con đường Tân Dự tòng" (tiếng Anh: Neocatechumenal Way) đã thành lập 2 chủng viện Redemptoris Mater tại Phần Lan và hoạt động thường xuyên tại thành phố Helsinki và các đô thị khác, điển hình là tại thành phố Oulu.

Một tín hữu Công giáo người Phần Lan nổi bật vào đầu thế kỷ 21 là ông Timo Juhani Soini, cựu lãnh đạo đảng Người Phần Lan.